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Linux操作系统关于集群的安装与并行计算

2010-06-10 13:52:29           
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1.linux安装

安装过程就不多说了。需要注意的是安装时,如果机群不与外界联网则可以不考虑安全

方面的因素而把rsh选为可信赖的服务,注意安装相应的软件包;如果还要与外界保持联

网,出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后,应该保证各节点之间能够用s

sh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。主机名:node1...noden (我所构

建的系统n=2)

2.创建NFS服务

在服务器节点public目录下建立mpi目录,并将其配置成NFS服务器,在/etc/exports文

件中加入一行:

/public/mpi node1(rw) node2(rw)

在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行:

sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0

将/public/mpi这个目录从服务器节点输出,并装载在各客户端,从而便于在各节点间分

发任务

3.修改/etc/hosts文件,将所有节点名称极其ip地址填入。例如:

127.0.0.1 localhost.localdomain localhost

192.168.1.1 node1

192.168.1.2 node2

…………………….

每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 ... noden的名

称相互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。

4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件

将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入,一行一个机器名。这一步是为了使节

点对其它的节点放权。

例如,我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器,其他的节点是参与计算者,在node

1的/etc/hosts.equiv文件是这样的:

node1 #给自己放权,这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境

node2

.....

noden

在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件:

node1 #对node1放权

node2

......

noden

5.修改~/.bash_profile文件

首先决定一个用于启动集群计算的用户名,不提倡使用root进行集群计算。这里在每个

节点上建立新用户chief,他们的主目录都是/home/chief,必须采用同样的密码,将来

的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为:fpi.f和a.out,则必须把a.out放

在同样的路境内,比如~/mpirun/a.out,每个节点都是如此。 修改~/.bash_profile文

件,主要是加入下列几行脚本:

export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin

export MPI_USEP4SSPORT=yes

export MPI_P4SSPORT=22

export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh

这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变

量是用来通知mpi运行环境采用rsh(或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配

置完毕了。

6.配置rsh 或ssh

对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户,

并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。

若采用ssh作为远程shell则按如下配置:以你设定的用于启动mpi计算的用户登录,运行

ssh-keygen,这将生成一个私有/公开密钥对,分别存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/i

dentity.pub文件内。然后进行访问授权,运行:

cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys

chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys

ssh-agent $SHELL

ssh-add

在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点,ssh noden,则在.ssh/下生成

一个known_hosts2文件,里面放着访问该主机的密钥,把所有密钥收集起来,在各个节

点上作同样的拷贝。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。

7.开启各项必需的服务

如果是以根用户root 登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv 实

用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启

rsh ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。

如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv并不出现ntsysvs实用程序。此时

可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的设置。用vi编辑器打开xin

etd.d:

vi /etc/xinetd.d

则可看到如下所示的配置文件:

关于rsh的设置如下
# default: off
# description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and, 
#       consequently, for the rsh(1) program.  The server provides 
#       remote execution facilities with authentication based on 
#       privileged port numbers from trusted hosts.
service shell
{
       disable = yes
       socket_type             = stream
       wait                    = no
       user                    = root
       log_on_success          += USERID
       log_on_failure          += USERID
       server                  = /usr/sbin/in.rshd
}
关于rlogin的设置如下
# default: off
# description: rlogind is the server for the rlogin(1) program.  The server 

#       provides a remote login facility with authentication based on 
#       privileged port numbers from trusted hosts.
service login
{
       disable = yes
       socket_type             = stream
       wait                    = no
       user                    = root
       log_on_success          += USERID
       log_on_failure          += USERID
       server                  = /usr/sbin/in.rlogind
}
关于telnet的设置如下
# default: off
# description: The telnet server serves telnet sessions; it uses 
# unencrypted username/password pairs for authentication.
service telnet
{
disable = yes
flags = REUSE
socket_type = stream
wait = no
user = root
server = /usr/sbin/in.telnetd
log_on_failure += USERID
}

所有这些服务在安装完系统之后都是默认为禁用的,要进行修改来打开这些服务。如要

通过修改启动telenet则就需要改disable = yes为disable = no。对于其他的服务的启

动的修改与之相同。若启动这些服务则只需要简单执行:

#/etc/rc.d/init.d/xinetd restart

或重起计算机就可以使所作的更改生效。

8.在服务器节点编译、安装Fortran90编译器

先将Fortran90(我用的是Intel的)编译器拷贝至/tmp下,然后用tar xvfz fortran90

.tar.gzj解压缩。运行

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