在进行案例研究时，必须设法最小化混杂因子所带来的影响。混杂因子（Confounding Factor）是指无法将两个因素带来的影响相互区分开的一个因子。这一点非常重要，因为在案例研究中，我们并没有实验中的控制手段。举例来说，判别一个较好结果的产生是依赖于工具还是工具使用者的经验，可能会十分困难。混杂效应（Confounding Effect）可能会在我们学习如何使用某个方法或工具以评估其带来的好处时带来问题，或是在决定是选择有激情的员工还是有怀疑精神的员工时带来困扰。

案例研究本身也是有利有弊的。案例研究的价值在于它包含很多实验无法体现的特质，比如，规模、复杂度、不可预测性以及动态性。而案例研究也存在着以下潜在问题。

一个小型或者简单的案例研究并不适合发掘软件工程原理和技术。规模的增长将会导致最具参考价值的问题类型发生变化。换言之，尽管我们的目的是研究同一个问题，但这一问题在小型案例研究和大型案例研究中可能变得不同。比如，在小型案例研究中，主要问题可能就是要研究的技术，而到了大型案例研究中，主要问题可能就变成了参与人数以及随之而来的人员沟通问题。

研究人员并不完全控制案例研究情况。从某个角度来看，这也是一件好事，因为无法预测的变化常常可以让研究人员更了解被研究的问题。真正的问题在于我们无法确定混杂因子带来的影响。

第5章对案例研究有更详尽的阐述。